Selepas mengenali anatomi ciri luaran seekor ikan, kita mengenal pula anatomi dalaman ikan. Barulah ilmu mengenal ikan kita lengkap. Bila dah lengkap, orang lain tak boleh nak kelentong kita lagi.
Kidney
Menapis bahan perkumuhan keluar dari badan. Ginjal juga amat penting bagi mengawal air dan kepekatan garam dalam badan bagi penyesuaian dalam keadaan air tawar atau air masin. Malah sesetengah spesies mampu hidup dalam kedua-dua keadaan.
Anal/Vent
Organ di mana bahan kumuh dilepaskan.
Pyloric caeca
Organ seakan unjuran jejari halus ini terletak berhampiran perut dan usus. Fungsinya belum boleh difahamkan secara menyeluruh namun diketahui merembes enzim bagi membantu sistem pencernaan, selain menyerap makanan yang dicerna.
Stomach and intestines
Mencerna makanan dan menyerap nutrien. Ikan piscivorous (makan ikan lain) mempunyai usus yang lebih pendek kerana sifat makanan yang lebih mudah cerna manakala ikan jenis herbivorous (makan tumbuhan) mempunyai usus yang lebih panjang disebabkan sukar untuk mencerna fiber. Sifat pemakanan ikan boleh diketahui dengan memeriksa usus ikan.
Hati (Liver)
Organ penting ini mempunyai beberapa fungsi. Ia membantu merembeskan enzim bagi mencerna lemak selain ruang untuk menyimpan tenaga dan karbohidrat. Hati juga penting untuk membunuh sel darah yang lama bagi memastikan sifat kimia darah yang sesuai. Ia juga memainkan peranan dalam menyahkan nitrogen dari badan.
Spine
Merupakan struktur utama ikan yang memberikan rupa bentuk ikan di mana bersambung dengan tengkorak di hadapan dan ekor di belakang. Ia terbentuk daripada banyak vertebrae yang berongga dan melindungi saraf tunjang yang lembut.
Muscles
Organ yang memberikan daya penggerak untuk ikan. Bahagian inilah daging ikan yang dimakan oleh kita.
Gonad
Merupakan organ untuk pembiakan. Organ ini menyimpan telur bagi betina dan ikan jantan mengandungi milt iaitu bahan untuk persenyawaan telur.
Brain
Pusat kawalan utama di mana kawalan tindak balas automatik (perkumuhan) dan tindak balas deria (pilihan untuk makan gewang atau umpan) berlaku. Semua maklumat akan diproses di sini.
Gills
Membolehkan ikan bernafas di dalam air. Organ ini sangat lembut dan elakkan menyentuhnya jika mahu melepaskan ikan kembali.
Heart
Mengepam darah ke seluruh badan. Oksigen dan nutrien terhadam akan dihantar ke sel-sel di seluruh badan melalui darah, seterusnya darah menghantar kembali bahan buangan dari sel-sel ke organ ginjal dan hati untuk dibuang.
Swim Bladder /Air Bladder
Organ keseimbangan berongga yang dipenuhi gas yang membantu ikan untuk menyimpan tenaga dengan meneutralkan kedudukan apungan dalam air. Ikan yang ditangkap di kawasan dalam perlu melepaskan gas di dalam air bladder sebelum kembali ke dalam air semula akibat perbezaan tekanan.
