Anatomi ikan merupakan asas bagi pembahagian serta mengenal pasti spesies ikan. Secara asasnya, mengenal pasti ikan melalui bilangan sirip merupakan kaedah yang selalu digunakan oleh seorang ichthyologist (pengkaji ikan). Namun terdapat juga cara lain bergantung pada superclass dan class tertentu.
Operculum
Merupakan bahagian keras yang melindungi bahagian insang. Kebiasaannya, bahagian ini merupakan pembahagi antara kepala dan badan. Operculum sangat penting dalam pengambilan oksigen. Ianya akan terbuka apabila mulut ikan tertutup, menyebabkan tekanan dalam ikan menurun. Air akan masuk ke bahagian tekanan rendah melalui insang membolehkan oksigen diambil daripada air.
Lateral line
Biasanya dapat dilihat memanjang hingga ke bahagian ekor. Garisan lateral ini berfungsi sebagai organ rasa untuk mengesan pergerakan dan getaran di dalam air. Kadangkala garisan lateral ini merupakan electroceptors di mana ianya berfungsi mengesan rangsangan elektrik. Sesetengah spesies seperti jerung juga menggunakan organ lateral ini untuk mengesan medan magnetik.
Dorsal fin
Terletak bahagian atas ikan. Sesetengah ikan mempunyai hingga 3 sirip dorsal. Sirip dorsal melindungi ikan dari pemangsa dan membantu ikan untuk membelok dan berhenti secara mengejut.
Sesetengah ikan menggunakan sirip dorsal dengan lebih berbeza. Anglerfish menggunakan sirip dorsalnya yang bercahaya untuk ‘memancing’ ikan lain. Terdapat juga sesetengah ikan yang mampu mengeluarkan racun melalui sirip dorsalnya. Bagi spesies belut pula, fungsi sirip dorsal diambil alih oleh sirip anal.
Adipose fin
Merupakan sirip yang lembut dan berdaging di antara sirip dorsal dan kaudal. Terdapat pada sesetengah ikan sahaja seperti salmonidae, charasins dan catfishes. Fungsi sebenar sirip adipos ini masih menjadi misteri. Terdapat pengkaji menyatakan ianya mengesan bunyi dan perubahan tekanan. Pengkaji di Kanada juga menyatakan ianya berfungsi seperti sensor namun masih tiada bukti yang jelas.
Caudal peduncle
Merupakan bahagian antara badan dan ekor. Boleh dikatakan sebagai bahagian kecil yang menyambungkan bahagian badan dan ekor ikan.
Pectoral fin
Sepasang sirip pektoral terletak pada setiap sisi ikan berhampiran operkulum. Ia membantu ikan untuk mengekalkan kedudukan ikan pada satu-satu kedalaman. Ikan daripada famili Clariidae seperti keli menggunakan sirip pektoral untuk berjalan di darat.
Pelvic fin
Terletak pada bahagian bawah abdomen dan berpasang. Sirip pelvik ini membantu ikan untuk berenang ke atas dan ke bawah, membelok dengan tepat dan berhenti dengan cepat. Dalam famili Gobiidae, sirip pelvik biasanya bercantum menjadi satu sirip menyedut yang berfungsi untuk berpegang pada sesuatu substrat seperti batu dan sebagainya.
Anal fin
Terletak permukaan bawah ventral atau perut ikan dan di belakang anus. Sirip anal berfungsi untuk kestabilan ketika ikan berenang.
Caudal fin
Sirip kaudal merupakan bahagian ekor ikan. Ianya penting untuk henjutan ketika berenang. Sirip kaudal juga mempunyai pelbagai bentuk mengikut spesies ikan tertentu dan boleh juga dikelaskan untuk mengklasifikasikan spesies ikan.
Photophores
Merupakan organ pemancar seakan bintik bercahaya yang biasanya terdapat pada ikan perairan marin. Kita melihat badan ikan yang berkilat adalah disebabkan oleh photophores. Karakter pencahayaan ini penting bagi mengenal pasti jenis ikan terutama ikan di lautan pada paras kedalaman benthic.
