Guna gunting yang agak besar dan tajam untuk memotong kesemua siripnya yang tajam. Terutamanya sirip dorsal dan pektoralnya. Gunting hingga ke pangkal sirip merapat badannya.
Buang sisiknya menggunakan pisau dengan cara mengikisnya dari bahagian ekor ke arah kepala. Buang kesemua sisik yang melekat pada badannya.
Potong dan buang bahagian kepala dengan cara memotongnya pada bahagian leher di penghujung penutup ingsangnya. Kepala puyu tidak memiliki banyak isi yang boleh dimakan, malah ia boleh mendatangkan rasa hanyir.
Potong bahagian sirip perutnya terlebih dahulu sebelum membuang isi perutnya.
Potong bahagian ekor hingga ke pangkalnya. Semua ikan air tawar perlu dibuang ekor kerana pada bahagian ekor ini agak berlendir dan berbau hanyir.
Ikan puyu yang telah dibersihkan. Selepas dicuci bersih, sebaiknya lakukan proses membuang rasa hanyirnya sama ada merendamnya dengan air beras, tepung gandum atau sebagainya.
